多年生,草本,腐生;莖直立,單一,不分枝,高10-30釐米,全株無葉綠素,白色,肉質,幹後變黑褐色。根細而分枝密,交結成鳥巢狀。葉鱗片狀,直立,互生,長圓形或狹長圓形或寬披針形,長1.4-1.5釐米,寬4-4.5毫米,先端鈍頭,無毛或上部葉稍有毛,邊緣近全緣。花單一,頂生,先下垂,後直立,花冠筒狀鐘形,長1.4-2釐米,直徑1.1-1.6釐米;苞片鱗片狀,與葉同形;萼片鱗片狀,早落;花瓣5-6,離生,楔形或倒卵狀長圓形,長1.2-1.6釐米,上部最寬5.5-7毫米,有不整齊的齒,內側常有密長粗毛,早落;雄蕊10-12,花絲有粗毛,花葯黃色;花盤10齒裂;子房中軸胎座,5室;花柱長2-3毫米,柱頭膨大成漏斗狀。蒴果橢圓狀球形,直立,向上,長1.3-1.4釐米。花期8—9月,果期9~11月。
自然環境中的水晶蘭多數株聚生,較少見獨出;其全株高約10cm~15cm,在千萬年的進化中,它的葉子已經蜕變成白色的鱗片,互生於無分枝的肉質莖上,雌雄同株,單花於植株的頂端開出。水晶蘭白色透明的葉子已經退化成鱗片狀貼在莖的旁邊,互生,白色。莖也是白色,沒有分支。花期在春季到夏季,為雌雄同株,5-6月間由莖頂處抽苔出白色長鐘形小花,有時數朵集生,花朵在每棵植株的頂端開出,水晶蘭生育環境分佈於海拔1500-2500公尺,常見於冷涼潮濕的針闊葉混合林間。